Next-generation sequencing technology in relation to our understanding and tackling of Antimicrobial Resistance [Tecnología de secuenciación de próxima generación en relación con nuestra comprensión y lucha contra la resistencia a los antimicrobianos]
Palabras clave:
Tecnologia de secuenciación, Resistencia antimicrobiana, comprensión.Resumen
Las tecnologías de secuenciación han sufrido mejoras en su desempeño en los últimos años. La secuenciación de próxima generación se está utilizando con más frecuencia para controlar enfermedades infecciosas, para conocer y anticipar la resistencia antimicrobiana (AMR) y en los controles de vigilancia contra posibles brotes infecciosos. Los ensayos moleculares utilizados para detectar agentes patógenos o resistentes a los antibióticos requieren mucho tiempo y esfuerzo, y a menudo no se recopila suficiente información para tomar decisiones. La secuenciación de próxima generación parece dilucidar en el menor tiempo posible toda la secuencia de ADN y nos proporciona datos suficientes para conocer la resistencia, la virulencia y la tipificación que se pueden analizar y una gran ayuda en la investigación y la toma de decisiones. NGS es una tecnología muy prometedora, para que se use ampliamente, requiere el desarrollo de plataformas de análisis de datos y la reducción de los costos de prueba que aún es muy alta para un uso masivo.
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Citas
Allix-Beguec, C., Fauville-Dufaux, M., Supply, P. 2008. Three year population-based evaluation of standardized mycobacterial interspersed repetitive-unit-variable-number tandem-repeat typing of Mycobacterium tuberculosis. J Clin Microbiol, 46, 1398-1406.
Besser, J., Carlenton, H., A., Gerner-Smith, P., Linsey, R., L. & Trees, E. 2018. Next-generation sequencing technologies and their application to the study and control of bacterial infections. Clinical Microbiology and Infection, 24, 335-341.
Cox, G., Sieron, A., King, A. M. et al. 2017. A common platform for antibiotic dereplication and adjuvant discovery. Cell Chem. Biol. 24, 98–109 .
Crofts, T., Gasparrini, A., J. & Dantas, G. 2017. Next-generation approaches to understand and combat the antibiotic resistome. Nature, 15, 422-434.
Daum, L. T., Fourie, P. B., Bhattacharyya, S. 2014. Next-Generation sequencing for identifying pyrazinamide resistance in Mycobacterium Tuberculosis. Clinical Infectious Disease, 58, 903-904.
Deuremberg, R., H., Bathroorn, E., Chlebowicz, M.,A. et al. 2016. Application of Next generation sequencing in clinical microbiology and infection prevention. Journal of Biotechnology ,243, 16-24.
Diaz-Torres, M. L., Villedieu, A., Nigel H. et al. 2006. Determining the antibiotic resistance potential of the indigenous oral microbiota of humans using a metagenomic approach. FEMS Microbiol. Lett. 258, 257–262 .
Du, H., Chen, L., Tang, Y. W. & Kreiswirth, B. N. 2016. Emergence of the mcr-1 colistin resistance gene in carbapenem-resistant Enterobacteriaceae. Lancet Infect. Dis. 16, 287–288.
Gonzales, P. R., Pesesky, M. W., Bouley, R. et al. 2015. Synergistic, collaterally sensitive β-lactam combinations suppress resistance in MRSA. Nat. Chem. Biol. 11, 855–861 .
Harris, S. R., Torok, M. E., Cartwright, E. J. P. et al. 2013. Read and assembly metrics inconsequential for clinical utility of whole-genome sequencing in mapping outbreaks. Nature Biotechnology. 31,592-594.
Kluytmans-van den Bergh, M.F., Huizinga, P., Bonten, M.J. et al. 2016. Presence of mcr-1-positive Enterobacteriaceae in retail chicken meat but not in humans in the Netherlands since 2009. Euro Surveill. 21, 30149
Koser, C., Ellington, M., J. & Peacock, S., J. 2014. Whole-genome sequencing to control antimicrobial resistance. Cell Press, 30, 401-406
Lefterova, M. I., Suarez, C. J., Banaei, N. & Pinsky, B. 2015. Next-generation sequencing for infectious disease diagnosis and management. The Journal of Molecular Diagnostics, 17, 623-634.
Mather, A., E., Reid, S., W., J., Maskell D., J., et al. 2013. Distinguishable epidemics of multidrugresistant Salmonella Typhimurium DT104 in different hosts. Science, 341, 1514–1517.
Nikolayyeski, V., Kranzer, K., Niemann, S. & Drobriewski, F. 2016. Whole genome sequencing of Mycobacterium Tuberculosis for detection of recent transmission and tracing outbreaks: A systematic review. Tuberculosis, 98, 77-85.
Otto, M. 2017. Next-generation sequencing to monitor the spread of antimicrobial resistance. Genome Medicine, 9, 1-3.
Quainoo, S. J., Coolen, J. P. M., T.Van Hijum S. A. F. et al. 2017. Whole-Genome sequencing of bacterial pathogens: the future of nosocomial outbreak analysis. Clinical Microbiology Reviews, 30, 1048-1052.
Simen, BB., Simons, JF., Hullsiek, K., H. et al. 2009. Community programs for clinical research on AIDS: Low-abundance drug-resistance viral variants in chronically HIV-infected, antiretroviral treatment-naïve patients significantly impact treatment outcomes. J Infect Dis, 199, 693-701
Willmann, M., El-Hadidi, M., Huson, D.H. et al. 2015. Antibiotic selection pressure determination through sequence-based metagenomics. Antimicrob. Agents Chemother. 59,7335–7345.
Zhou, K., Lokate, M., Deurenberg, R.H. et al. 2015. Characterization of a CTX-M-15 producing Klebsiella pneumoniae outbreak strain assigned to a novel Sequence Type(1427). Front. Microbiology. 6, 1250.
